まりえ様 ご質問頂きありがとうございます。走るのが好きになって続けていきたいとの事、とても良いですね！ 運動は継続が何よりも大切ですので運動の方法を選ぶ時に持続性のあるものを選択するというのは実は非常に大事なキーワードになります。好きで続けられる方法に出会えた事は本当に素晴らしい事なので、ぜひ続けて行けるようにしましょう。
さて、今回のご質問、走ると生理痛のような痛み（生理痛のような痛みというと子宮、子宮近辺の痛み）があるという事ですが、これは原因として考えられる事が色々あるという事や、痛みは主観になってしまいますので、まりえ様が生理痛のような痛みと感じているのが実は子宮ではなく別の近隣の臓器の可能性もございますので一概にこのＱ＆Ａで適当な答えを出す訳にはいかない問題でもあります
まず、前提として一度きちんと医師の診断を受ける事をお勧めいたします。その上で今考えられる原因のいくつか、またその改善法などをご提案いたしますので思い当たる事が無いか今一度お考え頂ければと思います。
一般的に"走るとお腹が痛くなる"と言えば、まりえ様がおっしゃる下腹部の痛みではなく脇腹の痛みが思い当たると思います。これは、痛みの場所（左右どちらか）にもよるのですが原因として急激な血流の変化による脾臓の痛みや横隔膜の痙攣のような痛み、そして腸内にガスが溜まる事などが原因として考えられます。
ですが、今回のご質問はこれとは違うのかと思います。痛みの箇所が下腹部であること、生理痛に似た痛みである事を考えると、可能性として考えられるのは
・運動により腸管が動き神経に触れた痛み
・運動により子宮が動き子宮の周りの靭帯が引き伸ばされた痛み
上記の理由であれば、腹部の筋力を高めたりランニングフォームの改善で上下動を減らした走り方などで改善できるかもしれません。また腸が原因だった場合は便秘が引き金になる可能性もありますので便通を改善する事も大事です。
他にも原因が考えられるのですが、生理痛に似た痛みと言われて真っ先に思いつくのは子宮内膜症や子宮筋腫の可能性です。自覚症状として経血量の異変や生理時の痛み、排便痛などが無くても、もしも子宮内膜症が靭帯の長さを短縮していたり、他の臓器（腸など）と癒着を起こしていたりすると運動時に子宮が動いた時に痛みとして感じる場合もあるかと思います
基本情報にこのあたりの記述が無いので分かりませんが、もし思い当る事があれば一度産婦人科の検診をお勧めします。
最後になりますが、総合的に健康的な生活や運動をと考えると、起床後のランニングで朝食前という事でしたら、入念なウォーミングアップをすること、貧血の予防として水分の補給やエネルギー摂取として飴玉一つでも口に入れてから行うこと。そして、睡眠時間が短いように思いますので睡眠の時間や質の改善などをされると運動中のパフォーマンスにも変化が出るのではないかと思います。
これからも楽しく運動が続けられますようにお祈りしております。
相談者DATA
名前：まりえ
年齢：24
性別：女性
身長：162 cm
体重：57kg
BMI：21.72
体脂肪率：27 %
職業：会社員
スポーツ、身体活動：
小学校～高校まで体育の授業でしか運動していませんでした。大学時代は運動ゼロ。
23歳で社会人になってからは仕事柄週5回1日1万歩歩いていますが特別な運動は最近までしていません。
ジョギング歴1ヶ月です。
既往歴：なし
健康状態：良好
平均食事回数と量：
朝：パン1枚
昼：うどん一杯もしくは和定食
夜：和食が中心だが、仕事柄食事は23時以降
間食（補食）：特に食べない。
平均睡眠時間：～3時間未満
http://blog.magazineworld.jp/tarzanoshiete/28161/